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L'Ifremer
Reconnu dans le monde entier comme l'un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l'Ifremer s'inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.
Présents sur toutes les façades maritimes de l'hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l'océan Indien, l'Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l'Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l'océan, du littoral au grand large et des abysses à l'interface avec l'atmosphère.
Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l'une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l'innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.
Date de clôture des candidatures : 4 mars 2025
Au sein de l'UMR BEEP (Biologie et Ecologie des environnement Marins Profonds), sous la responsabilité de la responsable du laboratoire LMEE (laboratoire de microbiologie des environnements extrêmes), elle/il contribuera à l'acquisition de connaissances pour améliorer la compréhension de la colonisation fonctionnelle symbiotique de deux modèles de crevettes hydrothermales profondes. Dans le cadre du projet européen BioOcean5D (https://biocean5d.org/), les métagénomes des communautés symbiotiques associées aux espèces Rimicaris exoculata et Rimicaris chacei à différents stades juvéniles seront étudiés. Ces crevettes hébergent 3 communautés symbiotiques, une dans la cavité céphalothoracique, une dans l'estomac et une dans le tube digestif. Si au stade adulte, ces communautés sont caractérisées, R. exoculata étant chimiosynthétique et R. chacei mixotrophe (https://doi.org/10.1093/evolut/qpad217 ; https://doi.org/10.1186/s4-2 ; https://doi.org/10.1186/s4-6), les connaissances manquent encore aux stades juvéniles (https://doi.org/10.1002/ece3.70369). En collaboration avec des chercheurs et ingénieurs de BEEP, elle/il mènera les analyses de bioinformatique des métagénomes qui auront préalablement été obtenus par séquençage Illumina.
Ce projet fait également partie du projet LIFEDEEPER ANR-22-POCE-0007.
Missions principales
- Etudier le fonctionnement des communautés symbiotiques de juvéniles de crevettes hydrothermales de la Ride Médio-Atlantique par approches de métagénomique.
Activités principales
- Analyse des données de séquençage : caractérisation du répertoire fonctionnel des communautés symbiotiques, annotation de gènes, analyses comparatives (inter-stades de vie, inter-espèces) via le super-calculateur Datarmor de l'Ifremer
- Assurer la traçabilité et reproductibilité des analyses de bio-informatiques.
- Présentation des résultats, rédaction de publications
Champs relationnel
- En interne : personnel de l'UMR Biologie et Ecologie des Ecosystèmes marins Profonds (BEEP)
- En externe : personnel du service SEBIMER de l'Ifremer
- Solides compétences en analyse bioinformatique de données (méta)génomiques (assemblage, annotation de gènes, design et implémentation de scripts, de pipelines, utilisation d'un cluster de calcul).
- Formation initiale : Doctorat en microbiologie/biologie moléculaire avec une expérience avancée en bioinformatique microbienne privilégiée, thèse obtenue depuis 3 ans maximum.
Compétences techniques / métiers
- Connaissance des langages Python, Shell et R
- Bonnes pratiques en bioinformatique
- Maîtrise des outils de base d'analyse NGS
- Maîtrise de l'Anglais à l'écrit et à l'oral.
- Connaissances en symbioses microbiennes appréciées
- Connaissances en génomique microbienne appréciées
- Publications de rang A
Qualités personnelles
- Aptitude au travail en équipe et aux recherches interdisciplinaires
- Qualités relationnelles et de communications
- Autonomie (organisation du travail)
- Rigueur scientifique et esprit de synthèse
- Qualités rédactionnelles
- Date de démarrage prévue :
- Contrat de 18 mois
- Télétravail partiel possible
- Solides compétences en analyse bioinformatique de données (méta)génomiques (assemblage, annotation de gènes, design et implémentation de scripts, de pipelines, utilisation d'un cluster de calcul).
- Formation initiale : Doctorat en microbiologie/biologie moléculaire avec une expérience avancée en bioinformatique microbienne privilégiée, thèse obtenue depuis 3 ans maximum.
Compétences techniques / métiers
- Connaissance des langages Python, Shell et R
- Bonnes pratiques en bioinformatique
- Maîtrise des outils de base d'analyse NGS
- Maîtrise de l'Anglais à l'écrit et à l'oral.
- Connaissances en symbioses microbiennes appréciées
- Connaissances en génomique microbienne appréciées
- Publications de rang A
Qualités personnelles
- Aptitude au travail en équipe et aux recherches interdisciplinaires
- Qualités relationnelles et de communications
- Autonomie (organisation du travail)
- Rigueur scientifique et esprit de synthèse
- Qualités rédactionnelles